Il 3 ottobre 2022, la National Library of Medicine (NLM) introdurrà una nuova piattaforma per la ricerca di ausili per le sue collezioni archivistiche storiche. La piattaforma si basa sul software open source ArchivesSpace.
History of Medicine Finding Aids – questo è il nome della piattaforma – è il punto di accesso centrale per gli ausili per la ricerca di collezioni forniti dalle raccolte Archivi e Manoscritti moderni, Stampe e fotografie e Audiovisivi storici.
Il layout della piattaforma supporta meglio l’accesso ai contenuti con dispositivi a schermo piccolo come telefoni cellulari e tablet.
ArchivesSpace include queste funzionalità chiave:
Ricerca per parole chiave in tutte le descrizioni degli aiuti alla ricerca o limita al solo materiale digitale Ricerca in campo per Titolo, Creatore, Oggetto, Note, Identificatore Ricerca limite di data Ricerca booleana avanzata Naviga per Area di Raccolta, Collezioni, Materiali Digitali, Soggetti, Nomi Filtraggio dei facet dei risultati di ricerca migliorato Cerca all’interno di un aiuto di ricerca
Una pagina della Guida risponde alle domande chiave per iniziare.
I ricercatori del Big Data Institute dell’Università di Oxford sono riusciti a creare il più grande albero genealogico dell’umanità. Questa opera è stato possibile realizzarla grazie all’enorme quantità di dati genetici disponibili grazie ai sequenziamenti del dna, tanto delle popolazioni moderne che di quelle passate.
Per farlo i ricercatori hanno integrato i dati sui genomi umani moderni e antichi provenienti da otto diversi database ed hanno incluso un totale di 3.609 sequenze di genomi individuali di 215 popolazioni. Gli antichi genomi includevano campioni trovati in tutto il mondo con età che andavano da 1.000 a oltre 100.000 anni. Gli algoritmi hanno previsto dove devono essere presenti antenati comuni negli alberi evolutivi per spiegare i modelli di variazione genetica. La rete risultante conteneva quasi 27 milioni di antenati. “Si tratta di un approccio abbastanza innovativo – afferma il dottor Yan Wong, genetista evoluzionista del Big Data Institute – perché fino ad ora i ricercatori non avevano elaborato un metodo per combinare sequenze genomiche provenienti da molti diversi database o non avevano sviluppato algoritmi per gestire dati di questa grandezza. Il nostro metodo ha raccolto queste sfide combinando facilmente i dati provenienti da più fonti e ospitando centinaia di migliaia, e potenzialmente milioni di sequenze genomiche”.
l risultato, continua l’esperto, è sorprendente: in questo modo infatti è stato possibile ricostruire sia i genomi dei nostri antenati che le coordinate temporali e spaziali in cui sono vissuti: “Questo ci consente di svelare importanti caratteristiche della storia evolutiva umana”. In questo modo i ricercatori sono riusciti per esempio a vedere gli eventi di migrazione noti come out of Africa – quando i primi ominidi lasciarono il continente – confermando l’esistenza di antenati molto indietro nel tempo in queste aree.
Il video che segue, che mostra età e provenienza dei nostri antenati, fino a due milioni di anni fa, dove ogni punto rappresenta un diverso filone di discendenza.
È nata la rete di ricerca clinica Ecraid (European Clinical Research Alliance for Infectious Diseases) che comprende più di 2.000 centri in oltre 40 Paesi che spaziano dall’assistenza primaria con i medici di medicina generale, agli ospedali tra cui reparti di pronto soccorso e unità di terapia intensiva, dalle strutture di assistenza pediatrica a laboratori clinici e strutture di assistenza per anziani. Ecraid è la prima rete del suo genere in Europa a offrire un unico punto di accesso a una rete paneuropea di ricerca clinica per le malattie infettive. I servizi principali di Ecraid comprendono la ricerca clinica, supportata da analisi di laboratorio, analisi epidemiologiche, analisi statistiche, gestione dei dati, biobanche, formazione e impegno pubblico.
“In Ecraid – spiega Evelina Tacconelli, professoressa ordinaria di malattie infettive presso l’università di Verona che sovraintenderà la rete epidemiologica “Epi-Net” e la rete di assistenza per gli anziani “Lotta-Net” – valuteremo con metodologie innovative i dati clinici dei pazienti inclusi negli studi clinici, per definire l’impatto della resistenza antimicrobica ed informare gli interventi di sanità pubblica secondo il tipo di infezioni ed il luogo di ricovero dei pazienti”.
Insieme al Baylor College of Medicine e all’azienda leader mondiale nel sequenziamento, Illumina, i ricercatori dell’Università di Gand hanno creato uno dei cataloghi più completi del trascrittoma umano di sempre.
Combinando abilmente tecniche di sequenziamento complementari hanno approfondito la nostra comprensione della funzione delle molecole di RNA conosciute e scoperto migliaia di nuovi RNA. Una migliore comprensione del nostro trascrittoma è essenziale per comprendere meglio i processi patologici e scoprire nuovi geni che possono fungere da bersagli terapeutici o biomarcatori.
“Ci sono stati altri progetti per catalogare il nostro trascrittoma, ma il progetto RNA-Atlas è unico a causa dei metodi di sequenziamento applicati“, afferma il prof. Pieter Mestdagh del Centro di genetica medica dell’Università di Gent. “Non solo abbiamo esaminato il trascrittoma di ben 300 tipi di cellule e tessuti umani , ma, cosa più importante, lo abbiamo fatto con tre tecnologie di sequenziamento complementari , una mirata ai piccoli RNA, una mirata agli RNA poliadenilati (poliA) e una tecnica chiamato sequenziamento totale dell’RNA”.
Un enorme database internazionale aiuterà gli epidemiologi a rispondere a domande sul coronavirus SARS-CoV-2, come la rapidità con cui le nuove varianti si diffondono tra le persone, se i vaccini proteggono contro di loro e quanto dura l’immunità al COVID-19.
A differenza del dashboard globale COVID-19 gestito dalla Johns Hopkins University di Baltimora, nel Maryland, e di altri popolari tracker che elencano le infezioni e i decessi da COVID-19 complessivi, il nuovo repository dell’iniziativa di data science chiamata Global.health raccoglie una quantità senza precedenti di dati anonimi informazioni sui singoli casi in un unico posto. Per ogni individuo, il database include fino a 40 variabili associate, come la data in cui hanno avuto i primi sintomi di COVID-19, la data in cui hanno ricevuto un test positivo e la loro storia di viaggio.
Il repository è stato creato da 21 ricercatori di 7 istituzioni accademiche negli Stati Uniti e in Europa, con il supporto tecnico e finanziario di Google e della Fondazione Rockefeller. Finora, il team ha raccolto informazioni da 24 milioni di casi in circa 150 paesi.
I ricercatori della UW Medicine presso il Brotman Baty Institute di Seattle hanno creato due atlanti cellulari che tracciano l’espressione genica e l’accessibilità della cromatina durante lo sviluppo di tipi di cellule e tessuti umani.
Un’interpretazione artistica della creazione di due atlanti cellulari che tracciano l’espressione genica e l’accessibilità della cromatina durante lo sviluppo di tipi di cellule e tessuti umani. Gli atlanti sono riportati nell’edizione del 12 novembre di Science. Sono stati sviluppati dal Brotman Baty Institute for Precision Medicine e dall’UW Medicine di Seattle.
Atlante dell’espressione genica
L’espressione genica è il processo attraverso cui una cellula utilizza le istruzioni immagazzinate nel suo DNA per dirigere la sintesi proteica. Queste proteine, a loro volta, determinano la struttura e la funzione di una cellula. L’atlante dell’espressione genica mappa dove e quando l’espressione genica si verifica in diversi tipi di cellule durante la loro crescita e sviluppo.
“Da questi dati, possiamo generare direttamente un catalogo di tutti i principali tipi di cellule nei tessuti umani, compreso il modo in cui questi tipi di cellule potrebbero variare nella loro espressione genica nei tessuti“, ha detto il prof. Junyue Cao.
Atlante dell’accessibilità del DNA
l secondo atlante, dell’accessibilità al DNA, mappa materiale chiamato cromatina che consente al DNA di essere saldamente impacchettato nel nucleo cellulare.
“Studiare la cromatina ti dà un senso della ‘grammatica’ normativa della cellula“, ha detto il prof. Darren Cusanovich. ” Il DNA che è aperto, o accessibile, si arricchisce di certe “parole”, che a loro volta sono la base per la cellula per specificare che vuole accendere certi geni “.
Il portale Veneto Health Library mette a disposizione una raccolta organizzata di risorse informative biomediche relative a SARS coronavirus 2 (SARS-CoV-2) e COVID-19.
Queste le principali sezioni in evidenza sul sito:
– Evidenze e supporto alle decisioni cliniche
– Risorse accessibili dedicate
– Ultimi articoli in Pubmed
– Statistiche e mappe
Veneto Health Library è un progetto del Consorzio per la Ricerca Sanitaria – CORIS per le Aziende Pubbliche del Servizio Sanitario della Regione Veneto.
Neuroscienziati e scienziati informatici hanno realizzato un nuovo set di dati di dimensioni senza precedenti – comprendente scansioni cerebrali di volontari. Il database BOLD5000 contiene circa 5.000 immagini e aiuterà i ricercatori a capire meglio come il cervello elabora le immagini.
I ricercatori della Carnegie Mellon University e della Fordham University, che riportano la notizia sulla rivista “Scientific Data“, hanno acquisito scansioni del cervello attraverso la risonanza magnetica funzionale (fMRI).
“I futuri studi di visione che impiegano il set di dati BOLD5000 dovrebbero aiutare i neuroscienziati a comprendere meglio l’organizzazione delle conoscenze nel cervello umano, mentre impareremo di più sulle basi neurali del riconoscimento visivo, saremo anche in una posizione migliore per contribuire ai progressi nella visione artificiale” – afferma il prof. Michael J. Tarr.
Il set di dati BOLD5000 disponibile pubblicamente è già stato scaricato più di 2.500 volte.
Si chiama Study Connect ed è una piattaforma digitale online “aperta”, che permette a pazienti e medici di accedere a informazioni su tutti gli studi clinici in corso, in Italia e nel mondo, condotti da Bristol-Myers Squibb in ambito oncologico, cardiovascolare e autoimmune, aree terapeutiche in cui è attiva la ricerca dell’azienda.
Le sperimentazioni (di fase I, II e III) contenute in Study Connect vanno dai tumori del sangue alle neoplasie solide (ad esempio del polmone, pancreas, testa-collo, urogenitali e gastrointestinali, melanoma), alle malattie cardiovascolari (insufficienza cardiaca, fibrillazione atriale e trombosi) e autoimmuni (artrite reumatoide e lupus).
La piattaforma, disponibile anche in versione italiana, permette di accedere, per aree terapeutiche alle informazioni sulle sperimentazioni in corso anche di altre aziende, tramite un link diretto a clinicaltrials.gov
La Food and Drug Administration (FDA) degli Stati Uniti ha annunciato la disponibilità dell’applicazione mobile Drugs @ FDA Express. Su questa app mobile, il pubblico può cercare informazioni suifarmaci approvati dalla FDA, farmaci generici da prescrizione e da banco e farmaci biologici.
Vi è un crescente interesse da parte dei motori di ricerca più sofisticati di far fronte alla complessità dei dati biomedici, non solo consentendo query di ricerca più mirate, ma anche facilitando l’integrazione e la costruzione di basi di conoscenze biologiche con l’analisi di insiemi di dati sperimentali.
I ricercatori del Spanish National Cancer Research Centre – CNIO Structural Biology and BioComputing Programme hanno realizzato un software onlineLimTox che integra metodi di state-of-the-art di text mining, machine learning e tecnologie linguistiche, al fine di potenziare il motore di ricerca biomedico semantico. LimTox consente il recupero e la classificazione delle entità chimiche e biologiche, le interazioni tra di loro, la visualizzazione delle strutture chimiche dei composti identificati automaticamente nel testo, e la generazione di grafici di rete.
Il server web LimTox può aiutare i ricercatori e medici per recuperare le associazioni di reazioni avverse utilizzando ricerche per parole chiave e le query semplici particolarmente ottimizzate per gestire le entità quali i prodotti chimici e i geni.
Lavora estraendo le informazioni dagli abstract e dai full text dei documenti dall’archivio biomedico PubMed, European Public Assessment Reports (EPAR), pubblicato dall’Agenzia europea per i medicinali (EMA), e New Drug Application (NDA) degli stati Uniti.
LimTox ha una particolare attenzione sulle reazioni avverse e tossicità dei composti chimici con enfasi al danno epatico indotto da farmaci, comprese le sostanze che causano un peggioramento della funzione epatica e epatocarcinogenesi.
L’American Heart Association in collaborazione con Amazon Web Services (AWS), ha sviluppato una piattaforma di dati globali sicuri per affrontare le malattie cardiovascolari.
Diverse organizzazioni stanno aprendo la strada verso il futuro dei dati aperti, contribuendo con le loro informazioni all’implementazione sicura della piattaforma, tra cui AstraZeneca, Cedars-Sinai Heart Institute, Dallas Heart Study, Duke Cardiovascular Research Institute, Intermountain Health, the International Stroke Genetics Consortium, the National Heart, Lung and Blood Institute (NHLBI) and Stanford University.
I ricercatori, medici, biologi computazionali, ingegneri informatici e tirocinanti provenienti da tutto il mondo possono sfruttare questa risorsa cloud-based per accedere e analizzare volumi di dati cardiovascolari e ictus per accelerare la cura dei pazienti a rischio. AHA Precision Medicine Platform è l’unica risorsa di questo tipo focalizzata sulle malattie cardiovascolari e ictus.
“Abbiamo spazzato via le barriere e diamo il benvenuto a tutti affinchè partecipino a questa piattaforma che cambia e promuove il modo di lavorare insieme, come una comunità a beneficio in ultima analisi, dei pazienti in tutto il mondo“, ha detto Jennifer Hal
Il Portale dati.gov.it è il catalogo nazionale dei metadati relativi ai dati rilasciati in formato aperto dalle pubbliche amministrazioni italiane. Il Portale è promosso dal Governo Italiano e gestito dall’Agenzia per l’Italia digitale con il supporto di FormezPA.
Il catalogo dati aperti espone, al momento, circa 18.000 dataset in formato aperto, così come pubblicati e aggiornati dalle rispettive amministrazioni. Nella home page è presente la finestra di ricerca dei dati e le aree (o categorie) tematiche in cui sono raggruppati i dataset del catalogo.
Es. Sanità:
– Elenco delle Aziende Ospedaliere e delle Aziende Ospedaliere Universitarie;
– Previdenza e assistenza;
– Dati e indicatori riguardanti il tema della sanità nelle regioni;
– Dati con cadenza semestrale malattie professionali per data;
– Dataset ministeriale contiene l’elenco completo delle farmacie aperte al pubblico;
– Parafarmacie;
……
Segnaliamo anche il portale Open Data dell’Ue (https://www.europeandataportal.eu/)che offre, attraverso un catalogo di metadati, un punto di accesso ai dati prodotti dalle istituzioni, dalle agenzie e dagli organismi europei. La qualità dei metadati viene verificata su base settimanale.
Es. Health
Accedi al portale nazionale Open Data italiano: dati.gov.it.
La Fnomceo (Federazione nazionale degli Ordini dei medici chirurghi e degli odontoiatri) offre da oggi ai propri iscritti tramite una convenzione con la Ebsco, Information Services di Boston, uno dei principali fornitori mondiali di banche dati di letteratura scientifica l’accesso libero e completo a migliaia di articoli scientifici, normalmente leggibili solo a pagamento. Il pacchetto comprende 2500 riviste full text, tra medicina e odontoiatria con decine di migliaia di abstract.
“Tutti i colleghi potranno acquisire sapere medico per affrontare con la massima sicurezza e competenza, nell’interesse del paziente, i quesiti diagnostici e terapeutici cui la pratica professionale quotidiana li espone” – spiega Roberta Chersevani, presidente Fnomceo.
“Siamo molto soddisfatti che, tra le banche dati a disposizione, ci sia anche Dentistry Oral Science Source, la più grande biblioteca specifica per l’Odontoiatria con le sue 250 riviste in full text” – ha dichiarato il Presidente della Commissione Albo Odontoiatri, Giuseppe Renzo. Ogni utente può creare un profilo personale per il salvataggio personale e permanente dei propri articoli, ricerche ed alert.
“Con le banche dati EBSCO il Medico sarà messo in condizione di portare con sé, ‘al letto del malato’, le migliori evidenze scientifiche – aggiunge il vicepresidente, Maurizio Scassola. – La piattaforma sarà infatti accessibile in qualunque momento, anche da mobile“.
FNOMCeO sta anche realizzando un servizio di tutorial in italiano per una miglior comprensione dell’uso e della potenzialità delle singole banche dati. Si inizia con il tutorial completo relativo a Medline (video).
Come si usa la piattaforma: Per la registrazione clicca qui
Ogni giorno, più di 3.000 nuovi abstracts sono caricati su PubMed, la principale banca dati di riferimento della letteratura biomedica. Qualsisi ricercatore ha grosse difficoltà a rimanere aggiornato sul suo campo di ricerca. Ora un nuovo strumento di ricerca messo a punto dall’AC Tan lab presso l’University of Colorado Cancer Centera e descritto sulla rivista “Bioinformatics” aiuterà i ricercatori a connettere le diverse aree di ricerca inserendo delle semplici parole.
HiPub è uno strumento gratuito, scaricabile per il download come plugin per il browser Chrome.
“HiPub analizza tutto il testo e cerca di riconoscere tutto ciò che viene denominato gene, proteine, farmaco e malattie. Estrae tutte le informazioni e le visualizza in una rete. Soprattutto nel campo della biologia molecolare o biologia del cancro, è utile vedere tutte le connessioni nel loro contesto biologico“, dice Aik Choon Tan uno degli autori della ricerca.
Esempio: Un ipotetico ricercatore sta leggendo un articolo che tratta dei geni KRAS e MEK, noti per influenzare lo sviluppo di alcuni tumori. Vuole sapere se questi geni hanno qualche rilevanza per la sua specialità, sono correlati a p53 [un altro gene noto per influenzare il cancro].
La query da inserire è “P53”, mentre sta leggendo l’articolo. HiPub visualizza immediatamente le connessioni tra geni, proteine, farmaci e malattie.
HiPub è un modo per utilizzare text mining per semplificare il processo di scoperta della conoscenza.
Gli scienziati del National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) hanno sviluppato una piattaforma online gratuita che utilizza un approccio crowdsourcing per rendere i dati di espressione genica pubblici accessibili ai ricercatori biomedici.
La piattaforma denominata OMics Compendia Commons (OMiCC), è stata descritta in un articolo pubblicato sulla rivista “Nature Biotechnology”
Gli utenti possono creare gruppi di dati di espressione genica e “annotarli” assegnando parametri, come il tipo di campione e le malattie, utilizzando un vocabolario standardizzato. E’ possibile analizzare le informazioni provenienti da più studi per la ricerca di relazioni biologiche, attraverso un approccio statistico (meta-analisi).
OMiCC, che contiene oltre 24.000 studi sull’uomo e sugli animali provenienti da Gene Expression Omnibus (GEO), può inoltre servire come strumento educativo per aiutare gli studenti a imparare la biologia esponendoli all’esplorazione di set di dati di grandi dimensioni.
Il sito https://omicc.niaid.nih.gov/ offre video e un tutorial passo-passo per aiutare gli utenti a navigare all’interno della piattaforma.
MedPix® è un database multi-piattaforma che integra immagini e testi. Il target di riferimento primario comprende medici e infermieri, professionisti del settore sanitario, studenti di medicina e di scienze infermieristiche. Il materiale contenuto è organizzato per localizzazione della malattia (apparati), categoria della patologia, profilo dei pazienti, oltre che per classificazione e didascalia delle immagini.
Il Medical Image Database è gratuito con oltre 53.000 immagini indicizzate, provenienti da oltre 13.000 pazienti.
Lo Human Mortality Database (HMD) è stato creato per fornire dati dettagliati sulla mortalità della popolazione in 38 diversi paesi. Il Database è un utile strumento per ricercatori, studenti, giornalisti, analisti politici, ed altri interessati nella storia della longevità umana.
Il Surveillance Atlas of Infectious Diseases dell’Ecdc (European Center for Disease Prevention and Control) si arricchisce e inserisce i dati sulle principali zoonosi e malattie a trasmissione alimentare, quali botulismo, brucellosi, campilobatteriosi, colera, etc.
I dati possono essere visualizzati in tabelle, grafici e mappe, scegliendo, attraverso il tasto “choose data“, differenti rappresentazioni delle varie patologie (n. di casi, incidenza media, età della popolazione colpita, e anni di riferimento). Tutti i dati di questo atlante provengono dal Sistema di sorveglianza Tessy (The European Surveillance System) che raccoglie i dati sulle malattie infettive fornirti dai 27 Paesi Ue e da 3 Paesi Eea.
Segnaliamo la banca dati “Open Access Theses and Dissertations” (OATD) per la ricerca ad accesso aperto di tesi di laurea e dissertazioni pubblicate in tutto il mondo.
I documenti provengono da oltre 1100 istituzioni, università e istituti di ricerca. OATD attualmente indicizza 2,999,343 tesi e dissertazioni.
Un gruppo di scienziati dell’University of Missouri ha realizzato un servizio gratuito on-line, RNAMiner, sviluppato per gestire grandi quantità di dati, che può portare a risultati più rapidi nello studio dei vegetali e della genomica animale.
L’analisi di sequenze genomiche che prima richiedevano giorni o mesi ora possono essere eseguite in poche ore. Il sito web è stato creato per essere facile da usare e permettere agli utenti di caricare i dati, analizzare attraverso ben cinque punti il genoma completo di cinque specie: umano, topo, Drosophila melanogaster (moscerino della frutta), TAIR10 Arabidopsis (piccola pianta a fiore) e Clostridium perfringens (un tipo di batterio).
CREDIT: JIANLIN CHENG
“C’è solo bisogno di caricare i file e selezionare diversi parametri, e si ottengo automaticamente i risultati. Utilizzando i dati grezzi, possiamo comprimere centinaia di migliaia di volte, anche un milione di volte, i files ed effettuare le connessioni necessarie per identificare i geni che causano malattie o alcune specie di piante e fare esperimenti per verificare i risultati.” – afferma Jianlin Cheng, professore associato di informatica all’University of Missouri.
L’Allen Institute for Brain Science ha lanciato un database di cellule neuronali che serve come un primo passo verso una completa comprensione del cervello.
“Il grande piano è quello di cercare di capire come funziona il cervello“, dice Lydia Ng, director of technology for the database. Quando il database sarà completato, sarà la prima la banca dati al mondo a raccogliere informazioni da singole cellule su quattro variabili di base: la forma delle cellule, l’espressione genica, la posizione nel cervello, e l’attività elettrica.
Per quanto riguarda l’attività elettrica i ricercatori hanno fatto in modo di usare la stessa tecnica di tracciamento su tutti i neuroni studiati finora (Neurodata without Borders).
Il portale Human Protein Atlas è un database gratuito con oltre 11 milioni di immagini di immunoistochimica e immunofluorescenza ad alta definizione che mostrano la distribuzione spaziale delle proteine in 44 diversi tessuti umani normali e in 20 diversi tipi di tumore, e 46 diverse linee cellulari umane.
L’atlante si compone di quattro sottosezioni, riguardanti tessuto normale, neoplasie, proteine subcellulari e linee cellulari; ognuna di queste parti contiene immagini e dati derivanti da proteomica basata su anticorpi e dalla trascrittomica.
Medic@ è una collezione, ad accesso gratuito di opere antiche di medicina (sec.15.-19.) possedute e digitalizzate dalla BIUM (Bibliotheque interuniversitaire de medecine et de odontologie – Université Paris5) da GALLICA e da altre istituzioni universitarie francesi.
Medicina in Biblioteca 