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OMiCC: Nuova piattaforma di dati di espressione genica.

Posted by giorgiobertin su giugno 21, 2016

Gli scienziati del National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) hanno sviluppato una piattaforma online gratuita che utilizza un approccio crowdsourcing per rendere i dati di espressione genica pubblici accessibili ai ricercatori biomedici.
La piattaforma denominata OMics Compendia Commons (OMiCC), è stata descritta in un articolo pubblicato sulla rivista “Nature Biotechnology
OMICC

Gli utenti possono creare gruppi di dati di espressione genica e “annotarli” assegnando parametri, come il tipo di campione e le malattie, utilizzando un vocabolario standardizzato. E’ possibile analizzare le informazioni provenienti da più studi per la ricerca di relazioni biologiche, attraverso un approccio statistico (meta-analisi).

OMiCC, che contiene oltre 24.000 studi sull’uomo e sugli animali provenienti da Gene Expression Omnibus (GEO), può inoltre servire come strumento educativo per aiutare gli studenti a imparare la biologia esponendoli all’esplorazione di set di dati di grandi dimensioni.

Il sito https://omicc.niaid.nih.gov/ offre video e un tutorial passo-passo per aiutare gli utenti a navigare all’interno della piattaforma.

Leggi abstract dell’articolo:
A crowdsourcing approach for reusing and meta-analyzing gene expression data across studies and platforms.
Shah N, Guo Y, Wendelsdroff KV, Lu Y, Sparks R, and Tsang JS.
Nature Biotechnology Published online 20 June 2016 http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3603

Accedi alla piattaforma: https://omicc.niaid.nih.gov/
Tutorial

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