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RNAMiner: Strumento di ricerca genetica on-line free.

Posted by giorgiobertin su luglio 11, 2015

Un gruppo di scienziati dell’University of Missouri ha realizzato un servizio gratuito on-line, RNAMiner, sviluppato per gestire grandi quantità di dati, che può portare a risultati più rapidi nello studio dei vegetali e della genomica animale.

L’analisi di sequenze genomiche che prima richiedevano giorni o mesi ora possono essere eseguite in poche ore. Il sito web è stato creato per essere facile da usare e permettere agli utenti di caricare i dati, analizzare attraverso ben cinque punti il genoma completo di cinque specie: umano, topo, Drosophila melanogaster (moscerino della frutta), TAIR10 Arabidopsis (piccola pianta a fiore) e Clostridium perfringens (un tipo di batterio).

RNAMiner CREDIT: JIANLIN CHENG

C’è solo bisogno di caricare i file e selezionare diversi parametri, e si ottengo automaticamente i risultati. Utilizzando i dati grezzi, possiamo comprimere centinaia di migliaia di volte, anche un milione di volte, i files ed effettuare le connessioni necessarie per identificare i geni che causano malattie o alcune specie di piante e fare esperimenti per verificare i risultati.” – afferma Jianlin Cheng, professore associato di informatica all’University of Missouri.

Accedi al software: RNAMiner

Approfondimenti: University of Missouri

Leggi il full text dell’articolo:
From Gigabyte to Kilobyte: A Bioinformatics Protocol for Mining Large RNA-Seq Transcriptomics Data.
Li J, Hou J, Sun L, Wilkins JM, Lu Y, et al. (2015)
PLoS ONE 10(4): e0125000.

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