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Posts Tagged ‘banca dati’

Database di dati online in aiuto al trattamento contro la Leucemia Mieloide Acuta.

Posted by giorgiobertin su ottobre 19, 2018

I ricercatori del Howard Hughes Medical Institute hanno raccolto un enorme set di dati che dettaglia la composizione molecolare delle cellule tumorali da più di 500 pazienti con un tumore del sangue aggressivo: la leucemia mieloide acuta (LMA). Il set di dati comprende come centinaia di cellule di singoli pazienti hanno risposto all’uso di un ampio pannello di farmaci.

È il più grande set di dati sul cancro del suo genere e potrebbe far progredire rapidamente gli studi clinici valutando potenziali trattamenti dell’AML (acute myeloid leukemia), afferma il prof. Brian Druker.
Utilizzando un nuovo visualizzatore di dati online, i ricercatori possono ora scoprire in pochi minuti quali tipi di terapie mirate sono più efficaci contro specifici sottoinsiemi di cellule AML.

druker  druker_2
With a new dataset describing hundreds of samples from AML patients, researchers can learn what drugs may work best for specific subsets of patients. This image relates sensitivity to the cancer drug ibrutinib to co-occurrences of two types of genetic changes found in tumor samples. Credit: J. Tyner et al.

Lo sviluppo di terapie efficaci per l’AML è molto difficile perché i fattori molecolari che guidano la malattia variano in modo significativo tra i pazienti. I ricercatori hanno identificato almeno 11 classi genetiche di AML e hanno scoperto migliaia di mutazioni diverse tra le cellule tumorali dei pazienti. Le terapie mirate al cancro, che tentano di eliminare le cellule tumorali sfruttando le loro specifiche vulnerabilità molecolari, possono funzionare solo se somministrate a pazienti con AML con le giuste caratteristiche molecolari. Fino ad ora, i ricercatori non erano in possesso di una mappa chiara per identificare le migliori terapie per trattamenti specifici.

In particolare Druker ed i suoi colleghi hanno identificato una serie di tre mutazioni genetiche che possono rendere i pazienti con AML buoni candidati per il trattamento con ibrutinib. Questo farmaco è attualmente approvato per il trattamento di alcuni altri tipi di tumore del sangue.

Leggi abstract dell’articolo:
Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia
Jeffrey W. Tyner, Cristina E. Tognon, Daniel Bottomly, Beth Wilmot, Stephen E. Kurtz, Samantha L. Savage, Nicola Long, Anna Reister Schultz, Elie Traer, Melissa Abel, Anupriya Agarwal,………..Ryan M. Winters, Shannon K. McWeeney, Brian J. Druker.
Nature, Published online October 17, 2018; DOI: 10.1038/s41586-018-0623-z

Cancer: Drug sensitivity in acute myeloid leukaemia mapped
Nature October 18, 2018

Accedi al visualizzatore di dati online

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Medicina di precisione: nasce una super banca del DNA.

Posted by giorgiobertin su ottobre 13, 2018

Un gruppo di ricercatori dell’University of Oxford ha dato vita a una super banca del Dna che raccoglie i dati dell’intero genoma di 500mila persone. Secondo gli esperti, la UK Biobank1 rappresenta un grande passo in avanti per la medicina di precisione. Due articoli sulla rivista Nature mostrano come questa enorme quantità di dati possa essere utilizzata in campo biomedico per trovare nuove armi contro patologie comuni come malattie cardiovascolari, tumori e diabete (video).


Highlights of the UK Biobank Scientific Conference 2018

Nel primo lavoro i ricercatori riportano le prime descrizioni di uno studio di coorte completo, inclusi i dati genetici a livello genomico per tutti gli individui (vedere C. Bycroft et al., Nature 562 , 203-209; 2018). In un secondo studio, i ricercatori riportano l’imaging cerebrale di 10.000 individui, che rivela influenze genetiche sulla struttura e sulla funzione del cervello, e mostra correlazioni con i tratti neurodegenerativi, psichiatrici e di personalità (vedi LT Elliott et al., Nature 562, 210-216; 2018).

E’ un lavoro molto importante, la prima grande risorsa sanitaria nazionale e internazionale basata sulle conoscenze genetiche specifiche delle persone, in rapporto alle loro caratteristiche e malattie“, commenta il genetista Giuseppe Novelli, rettore dell’Università di Roma Tor Vergata.

Leggi abstracts degli articoli:
The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data
Clare Bycroft, Colin Freeman,…. etal.
Nature volume 562, pages 203–209 (2018) Published: 10 October 2018

Genome-wide association studies of brain imaging phenotypes in UK Biobank
Lloyd T. Elliott, Kevin Sharp, Fidel Alfaro-Almagro, Sinan Shi, Karla L. Miller, Gwenaëlle Douaud, Jonathan Marchini & Stephen M. Smith
Nature volume 562, pages 210–216 (2018)  Published: 10 October 2018

EDITORIAL 10 OCTOBER 2018
UK Biobank data on 500,000 people paves way to precision medicine
Treatments tailored to individuals rely on the wisdom of crowds.

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GreenFile: database riguardante l’impatto umano sull’ambiente.

Posted by giorgiobertin su luglio 22, 2018

GreenFile è un database gratuito che analizza l’informazione riguardante l’impatto umano sull’ambiente, pubblicata su riviste scientifiche, in documenti governativi e su titoli di interesse generale.


GreenFILE Database

Gli argomenti coperti sono l’inquinamento, il riscaldamento globale, le energie rinnovabili, l’agricoltura biosostenibile.

Accedi al database: GreenFile

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ChemMaps: navigare interattivamente nello spazio chimico.

Posted by giorgiobertin su giugno 5, 2018

I ricercatori della North Carolina State University hanno creato un nuovo servizio online – ChemMaps – che consente agli utenti di navigare interattivamente nello spazio chimico di oltre 8.000 farmaci e 47.000 composti ambientali in 3D e in tempo reale.

ChemMaps è progettato per essere una risorsa centrale per studenti e ricercatori che desiderano visualizzare e studiare facilmente complessi insiemi di strutture chimiche. La prima versione del sito Web gratuito è disponibile all’indirizzo http://www.chemmaps.com


ChemMaps-Demo drugMaps

La premessa per ChemMaps è stata quella di renderlo Google Maps of drugs“, afferma il prof. Denis Fourches. “Permette a chiunque usi un computer o un tablet di navigare e navigare facilmente nello spazio chimico dei farmaci commercializzati in un ambiente 3D. Volevamo davvero rendere l’interfaccia grafica in ChemMaps rilevante per uno studente o per uno specialista in chimica farmaceutica“.

Con ChemMaps, le sostanze chimiche assomigliano a stelle: punti di luce sparsi sullo schermo. Ogni stella o composto è posizionato in relazione con gli altri all’interno dello spazio chimico complesso in base alle loro proprietà strutturali.
ci sono due mappe principali disponibili. Il DrugMap comprende circa 8.000 farmaci (commercializzati, in sviluppo e ritirati) ed è stato preparato dal database DrugBank. La mappa ambientale, o EnvMap, comprende oltre 47.000 composti (come pesticidi o ritardanti di fiamma) di rilevanza per l’Istituto nazionale di studi sulla salute ambientale (NIEHS) e l’Agenzia di protezione ambientale degli Stati Uniti (EPA) ed è stata preparata dal Tox21, Toxcast e altri database NIEHS.

Accedi al servizio:
ChemMaps

Exploring Drug Space with ChemMaps.com
Alexandre Borrel and Denis Fourches, North Carolina State University; Alexandre Borrel and Nicole Kleinstreuer, National Institute of Environmental Health Sciences
Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty412 Published: 22 May 2018

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Creata la prima banca dati di cellule cerebrali vive.

Posted by giorgiobertin su ottobre 28, 2017

E’ online la prima banca dati sul cervello fatta con neuroni umani ‘vivi’: ottenuti da tessuti di scarto derivanti dagli interventi neurochirurgici di 39 pazienti, sono stati mantenuti in attività fuori dal corpo umano per tre giorni, in modo da poterne analizzare l’anatomia e la funzionalità. Lo studio, realizzato negli Stati Uniti dall’Allen Institute for Brain Science di Seattle, ha permesso di ricavare il profilo genetico di 16.000 neuroni e informazioni circa l’attività elettrica di 300 neuroni della corteccia cerebrale, di cui 100 sono stati perfino ricostruiti in 3D.


First open database of live human brain cells

Il database, accessibile a tutti, apre una “finestra” inedita sul cervello umano, che finora era stato studiato usando elettroencefalogramma, tecniche di diagnostica per immagini (come la risonanza magnetica) e campioni di tessuto prelevati da cadavere.

The Allen Cell Types Database is freely available at http://celltypes.brain-map.org.

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Human Cell Atlas: Tutte le cellule umane in un Atlante.

Posted by giorgiobertin su ottobre 23, 2017

Si chiama Human Cell Atlas il progetto internazionale che fornirà l’identikit delle cellule umane che costituiscono tutti i tessuti e gli organi. All’atlante partecipano centinaia di ricercatori in tutto il mondo e la cui portata e’ confrontabile a quella del Progetto Genoma Umano iniziato nel 2000 che ha portato alla mappatura del DNA dell’uomo.

Atlas-cell-human
Villani, A.-C. ET AL. SCIENCE 356, EAAH453 (2017); image Kathryn White; reconstruction James Fletcher
A new type of human dendritic cell recently discovered using single-cell RNA sequencing.

L’Atlante presenta già ora un primissimo risultato con l’identikit del primo milione di cellule, insieme alla descrizione delle tecniche utilizzate per ottenerlo.
Le nuove tecniche di analisi oggi disponibili permettono di capire perchè le cellule, pur avendo quasi lo stesso Dna, sono diverse; come la loro composizione cambia nel tempo, ad esempio quando invecchiamo o durante le malattie.

La risorsa aiuterà gli scienziati a capire come le varianti genetiche influenzino il rischio di malattie, definisce le tossicità dei farmaci, scoprendo le migliori terapie per la medicina rigenerativa avanzata. Una risorsa di tale ambizione e di scala mondiale deve essere costruita in fasi, aumentando le dimensioni, la larghezza e la risoluzione man mano che le tecnologie si sviluppano e la comprensione si approfondisce.

Scarica e leggi il full text:
THE HUMAN CELL ATLAS – White Paper
The HCA Consortium – October 18, 2017

Human Cell Atlas

THE INTERNATIONAL HUMAN CELL ATLAS PUBLISHES STRATEGIC BLUEPRINT; ANNOUNCES DATA FROM FIRST ONE MILLION CELLS

The Human Cell Atlas: from vision to reality
Orit Rozenblatt-Rosen, Michael J. T. Stubbington, Aviv Regev& Sarah A. Teichmann

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MyGene2: Nuovo portale di malattie genetiche rare.

Posted by giorgiobertin su ottobre 22, 2017

L’University of Washington ha realizzato MyGene2, una nuova risorsa di dati aperta che aiuta i pazienti con malattie genetiche rare, clinici e ricercatori a condividere informazioni, collegandosi tra loro.

MyGene2

Abbiamo creato MyGene2 per affrontare le limitazioni informative sulle malattie genetiche rare, come luogo unico per i pazienti e le famiglie per cercare e condividere le informazioni piuttosto che un approccio di termini e piattaforme di ricerca“, ha dichiarato il dottor Bamshad. Il sito web aiuta i pazienti a inserire i loro dati genetici in modo da essere ricercabili e utili ai ricercatori e ai medici, oltre a informazioni dettagliate sui loro fenotipi e le loro esperienze per contribuire a definire i sintomi e descrivere il corso della malattia. “Questi dati possono essere identificati proteggendo la privacy dei pazienti, ma rimangono completi e accessibili, consentendo il contatto tra famiglie, ricercatori e clinici“.
Attualmente sono stati creati oltre 1000 profili.

Il portale è stato presentato all’American Society of Human Genetics 2017 Annual Meeting. Orlando, Florida.
Chong JX et al. (2017 Oct 18). Abstract: Gene discovery via direct-to-family engagement using MyGene2

Accedi al portale: MyGene2

Video: Goals and purpose of MyGene2.

Fonte: American Society of Human Genetics 

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Creata biobanca associata alle variazioni dell’espressione genica nei tessuti.

Posted by giorgiobertin su ottobre 12, 2017

Il  Genotype-Tissue Expression (GTEx) Project  ha realizzato un catalogo di riferimento e una biobanca con l’obiettivo di esplorare la variazione dei genomi che influenzano l’espressione di geni nei diversi tessuti.
La caratterizzazione della funzione molecolare del genoma umano e le sue variazioni tra gli individui sono essenziali per identificare i meccanismi cellulari che sono alla base dei tratti genetici e delle malattie umane.
Il Dna è uguale in tutte le cellule, ma non tutte le cellule sono uguali. Vale a dire che il genoma è uguale, ma la sua espressione è diversa.

GTEx GTEx data

Trovare associazioni tra variazione genetica e l’espressione genica nel tessuto sano ci potrebbe aiutare a identificare i geni e i meccanismi che sono alla base della variazione-associata alla malattia umana“, afferma il professore Christopher Brown, della Perelman School of Medicine presso l’University of Pennsylvania.

Nei lavori pubblicati sulla rivista “Nature” vengono descritti e analizzati i dati provenienti dal consorzio del Genotype Expression Tissue (GTEx), uno studio su 7.051 campioni post-mortem che rappresentano 44 distinti tipi di tessuti da 449 donatori sani. I campioni comprendono 31 tessuti di organo solido, dieci regioni del cervello, sangue intero e due linee cellulari da sangue e pelle di donatore.

I ricercatori hanno potuto constatare come una particolare variante genica possa generare rischi per malattie cardiovascolari o diabete; e come una variante associata alla malattia sia causata da una sovra-espressa o sotto-espressa particolare proteina.

Il Genotype-Tissue Expression (GTEx) Project  ha inoltre creato un database che consente agli utenti di visualizzare e scaricare i dati di riepilogo GTEx attraverso il portale GTEx e di accedere ai tipi di dati a livello individuale nel database NIH’s database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP).

Leggi il full text dell’articolo:
Genetic effects on gene expression across human tissues
GTEx Consortium,Lead analysts:, Laboratory, Data Analysis & Coordinating Center (LDACC):,NIH program management:,Biospecimen collection:,Pathology:,eQTL manuscript working group:,Alexis Battle,Christopher D. Brown,Barbara E. Engelhardt & Stephen B. Montgomery.
Nature 550, 204–213 (12 October 2017) doi:10.1038/nature24277

Penn researchers have been mining GTEx to find genes important in driving chronic kidney disease and metabolic diseases, among other disorders.

Gene-expression study raises thorny ethical issues

Genotype-Tissue Expression (GTEx) Portal

A more personal view of human-gene regulation

Human genomics: Cracking the regulatory code

NIH’s database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP).
Johns Hopkins Scientists Help Show Links Between Genes, Body Tissues

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Network per il trattamento dei tumori solidi pediatrici.

Posted by giorgiobertin su agosto 31, 2017

Il St. Jude Children’s Research Hospital offre alla comunità scientifica internazionale un accesso gratuito ad una raccolta di dati di campioni di tumori solidi pediatrici con lo scopo di alimentare la ricerca e nuovi possibili trattamenti. Si tratta dell’unico database di ricerca ad accesso libero per il cancro infantile.

La risorsa: Childhood Solid Tumor Network è descritta sulla rivista scientifica “Nature“.

retinoblastoma
This stained image represents a retinoblastoma sample, much like researchers and physicians can request from the Childhood Solid Tumor Network. The top section of the image is the retina, followed by xenografted retinoblastoma cells.

I tumori solidi pediatrici sono rari e così sono molto importanti i campioni di tessuto e altre risorse necessarie per promuovere la loro comprensione e il loro trattamento. I tumori solidi dell’osso, del muscolo, del rene, dell’occhio e di altri organi escluso il cervello rappresentano circa il 30% dei tumori infantili.

Il network ora include campioni da più di 67 diversi tumori,  che rappresentano 12 tipi di tumori solidi pediatrici. Oltre ai campioni tumorali sono disponibili anche informazioni sulla sensibilità farmacologica, sulla farmacocinetica e sulla composizione molecolare dei tumori.

Gli scienziati intendono espandere lo sforzo per includere cellule staminali pluripotenti indotte da bambini che sono geneticamente predisposti per sviluppare il cancro.

Accedi al database: Childhood Solid Tumor Network

Leggi abstract dell’articolo:
Orthotopic patient-derived xenografts of paediatric solid tumours
Elizabeth Stewart, Sara M. Federico[…]Michael A. Dyer
Nature Published online 30 August 2017 doi:10.1038/nature23647

Fonte: St. Jude Children’s Research Hospital

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Nuovo sito web per l’interazione di farmaci oncologici.

Posted by giorgiobertin su giugno 2, 2017

Le interazioni farmacologiche sono un problema significativo per i pazienti oncologici ed i professionisti sanitari che li trattano. Combinando le competenze a livello internazionale dell’Università di Liverpool (UK) sulle interazioni farmaco-farmaco con l’esperienza della farmacologia clinica in oncologia ed ematologia della Radboud University, Nijmegen (the Netherlands), è stato possibile realizzare questo portale  in risposta alla necessità di una migliore gestione di interazioni farmaco-farmaco con agenti anti-cancro.

Cancer Drug Interactions

Accedi alla risorsa web:
Drug Interaction Checker

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Nuova banca dati sulle malattie mitocondriali.

Posted by giorgiobertin su maggio 25, 2017

Negli ultimi anni, un settore della ricerca medica che ha una crescente attenzione è quello delle malattie mitocondriali – un gruppo di malattie causate da disfunzioni dei mitocondri. Il DNA polimerasi gamma [DNA polymerase γ (POLG)] è l’enzima responsabile per la duplicazione e mantenimento del DNA mitocondriale. Disturbi legati alla sua perdita di funzione sono una delle principali cause delle malattie mitocondriali.

PolGA_clusters
The POLG Pathogenicity Prediction Server could to help clinicians and scientists better diagnose POLG disorders and more accurately predict their outcomes. Courtesy of Laura Kaguni

Il prof. Laurie Kaguni e il suo team della Michigan State University, hanno creato un nuovo strumento – il POLG Pathogenicity Prediction Server – per aiutare i medici e gli scienziati a diagnosticare i disturbi POLG  e con maggiore precisione prevedere i loro risultati. Lo strumento è descritto su “BBA clinical“.
Il database contiene 681 POLG anonimi, le voci dei pazienti raccolte da segnalazioni di casi accessibili al pubblico. Ogni voce del paziente include i dati su età della diagnosi e sintomi presenti.

Questi risultati ci mostrano che siamo in grado di prevedere – per una data mutazione – quale impatto avrà sulla biochimica dell’enzima“, ha detto Kaguni. “Quando consideriamo le coppie di mutazioni nel contesto di tutti i dati del paziente raccolti, possiamo ora prevedere con ragionevole certezza se la malattia sta per iniziare, o quando insorgerà successivamente – e quali sono i probabili sintomi.

Accedi al database: POLG Pathogenicity Server

Leggi abstract dell’articolo:
Pathogenicity in POLG Syndromes: DNA Polymerase Gamma Pathogenicity Prediction Server and Database
Anssi Nurminen, Gregory A. Farnum and Laurie S. Kaguni
BBA Clinical, Volume 7, June 2017, Pages 147–156

Fonte: Michigan State University

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dbGaP: Banca dati di genotipi e fenotipi.

Posted by giorgiobertin su maggio 13, 2017

dbGaP – Database of Genotype and Phenotype è un database gratuito della NCBI-National Center for Biotechnology Information e contiene dati forniti dalla GWA (Genome Wide Association) relativi a ricerche che indagano i legami tra il genotipo e il fenotipo e quindi tra geni e malattia.

dbGaP

Accedi alla banca dati:
dbGaP

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Creata la più grande banca dati di cellule staminali.

Posted by giorgiobertin su maggio 12, 2017

I ricercatori del Wellcome Trust Sanger Institute hanno realizzato in collaborazione con il King College di Londra, l’Istituto Europeo di Bioinformatica, l’Università di Dundee e l’Università di Cambridge la più grande collezione al mondo di cellule staminali ricavate da volontari sani. Il lavoro è descritto sulla rivista “Nature“.

Abbiamo realizzato una grande banca dati, di alta qualità, di cellule staminali pluripotenti indotte (IPS), cioè capaci di seguire diverse evoluzioni nello sviluppo, da volontari sani“, precisa il prof. Gaffney. Ognuna di queste linee cellulari è stata studiata e resa disponibile ad una comunità di ricercatori più ampia. Un passo fondamentale per realizzare migliori modelli cellulari di molte malattie.

I gruppi di staminali di riferimento sono stati ricavati dalle biopsie della pelle di 301 volontari sani, con cui sono state prodotte più linee di staminali per ogni persona, arrivando ad un totale di 711 linee cellulari, con informazioni dettagliate sul loro genoma, le proteine presenti e la loro biologia.

iPS cells
Skin cells can be reprogrammed into iPS cells that can then develop into different types of cells. Credit: Sanger Institute, Genome Research Limited

I progressi tecnologici hanno permesso di prendere una cellula adulta e utilizzare condizioni di crescita specifiche per far tornare indietro l’orologio – il ritorno ad uno stato embrionale precoce. Tutto ciò si traduce in una cellula staminale pluripotente indotta (IPSC), che può svilupparsi in qualsiasi tipo di cellula del corpo. Queste cellule iPSCs hanno un potenziale enorme per lo studio scientifico lo sviluppo e l’impatto delle malattie tra cui il cancro, il morbo di Alzheimer e le malattie cardiache.

Leggi abstract dell’articolo:
Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs
Helena Kilpinen, Angela Goncalves[…]Daniel J Gaffney
Nature (2017) Published online 10 May 2017, doi:10.1038/nature22403

Fonte: Wellcome Trust Sanger Institute

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Creato un ‘catalogo’ delle malattie legate alle variazioni genetiche del sistema immunitario.

Posted by giorgiobertin su maggio 11, 2017

Uno studio condotto da ricercatori della Vanderbilt University Medical Center (VUMC) e della University of Arizona College of Pharmacy ha generato il primo catalogo completo di malattie associate alle variazioni dell’antigene leucocitario umano (HLA), il locus dei geni che codificano le proteine sulla superficie delle cellule che sono responsabili della regolazione del sistema immunitario nell’uomo.

STM389

Il catalogo ha lo scopo di aiutare ad identificare le persone che sono a rischio per alcune malattie autoimmuni, che possono generare anticorpi che attaccano i loro stessi tessuti in risposta ad un’infezione.
I ricercatori hanno descritto l’iniziativa in un articolo sulla rivista “Science Translational Medicine” e pubblicato il catalogo online all’indirizzo http://www.phewascatalog.org.

HLA (antigene leucocitario umano) sono proteine ​​espresse sulla superficie delle cellule che – come targhette – che consentono al sistema immunitario di distinguere “propri” tessuti del corpo da “non-propri”, come patogeni“.- spiega il prof. Karnes della University of Arizona College of Pharmacy a Tucson.
Si ritiene che le persone con alcune varianti HLA possano – in risposta ad un’infezione, per esempio – generare anticorpi che attaccano i propri tessuti. Ciò suggerisce che alcune malattie autoimmuni potrebbero essere evitate in persone ad alto rischio identificandole e trattandole prima delle infezioni” – specifica Denny  co-autore dello studio.

Leggi abstract dell’articolo:
Phenome-wide scanning identifies multiple diseases and disease severity phenotypes associated with HLA variants
Jason H. Karnes, Lisa Bastarache, Christian M. Shaffer, Silvana Gaudieri, Yaomin Xu, Andrew M. Glazer, Jonathan D. Mosley, Shilin Zhao, Soumya Raychaudhuri, Simon Mallal, Zhan Ye, John G. Mayer, Murray H. Brilliant, Scott J. Hebbring, Dan M. Roden, Elizabeth J. Phillips and Joshua C. Denny
Science Translational Medicine 10 May 2017: Vol. 9, Issue 389, eaai8708 DOI: 10.1126/scitranslmed.aai8708

Accedi al catalogo: http://www.phewascatalog.org

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CCRIS – Chemical Carcinogenesis Research Information System.

Posted by giorgiobertin su aprile 2, 2017

CCRIS acronimo per Chemical Carcinogenesis Research Information System, è l’archivio di dati tossicologici nel Toxicology Data Network (TOXNET) della National Library of Medicine (NLM), sviluppato e gestito dal National Cancer Institute (NCI).

CCRIS

Contiene record chimici con risultati di test di carcinogenicità, mutagenicità, stimolazione e inibizione tumorale.

I dati provengono da studi citati in riviste primarie e strumenti di aggiornamento correnti, rapporti del National Cancer Institute e altre fonti speciali. I risultati dei test sono sottoposti alla verifica di esperti del settore.

La ricerca può essere fatta cercando il nome della sostanza, nome del frammento chimico, Chemical Abstracts Service Registry Number (RN).

Accedi al database: CCRIS

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CIViC: Database online sulle mutazioni genetiche del cancro.

Posted by giorgiobertin su gennaio 30, 2017

I ricercatori della Washington University School of Medicine di St. Louis hanno sviluppato un  “knowledge base” online destinato alla raccolta e l’organizzazione di informazioni sulla genetica del cancro. La speranza è questa “Wikipedia” della genomica del cancro aiuterà i medici a sviluppare terapie mediche di precisione per i pazienti con il cancro. Il database dovrebbe offrire la possibilità di identificare mutazioni importanti nel tumore di un paziente e potenzialmente il collegamento ad eventuali farmaci noti per correggere errori genetici.

Civic
A schematic illustrates how a shared knowledgebase can help alleviate the bottleneck caused by the sheer quantity of raw sequencing data.Credit: Image courtesy of Washington University School of Medicine

Siamo impegnati a mantenere questa risorsa aperta e disponibile a chiunque voglia contribuire o fare uso di queste preziose informazioni“, ha detto Malachia Griffith, professore di medicina. “Vorremmo che fosse un esercizio di comunità ed una risorsa pubblica. Le informazioni sono di dominio pubblico. Non ci sono restrizioni sul loro utilizzo, accademico o commerciale.

All’interno del database denominato “CIViC” sono inserite le descrizioni di rilevanza clinica di 732 mutazioni da 285 geni per 203 tipi di cancro, tutte raccolte da rivedere 1.090 pubblicazioni scientifiche e mediche.

La descrizione e le caratteristiche del database sono state pubblicate in un articolo sulla rivista “Nature Genetics“.

Leggi abstract dell’articolo:
CIViC is a community knowledgebase for expert-crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer.
Griffith M*, Spies NC*, Krysiak K*, McMichael JF, Coffman AC, Danos AM, Ainscough BJ,………Wartman LD, Wilson RK, Mardis ER, Griffith OL
Nature Genetics. Jan. 30, 2017.

Accedi al database:
CIViC

CIViC: A knowledgebase for expertcrowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer – Slide

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EFSA: Glossario dei termini scientifici.

Posted by giorgiobertin su giugno 7, 2016

E’ stato pubblicato dall’EFSA (European Food Safety Authority) il glossario con oltre 250 termini scientifici. Il glossario apporterà maggior chiarezza nella comunicazione EFSA destinata al grande pubblico, aiutando chi è interessato a capire alcuni dei concetti scientifici più complessi.

EFSA-logo

Il glossario è disponibile in inglese, francese, tedesco e italiano sotto forma di elenco alfabetico. Nel tempo verrà gradualmente integrato nei nostri comunicati e articoli di approfondimento, in modo che ogni volta che si utilizza un termine per il quale è stata creata una definizione, si aprirà un pop-up dove si potrà approfondire il concetto. Per esempio: dose giornaliera ammissibile o assunzione adeguata.

Accedi al glossario: http://www.efsa.europa.eu/it/glossary-taxonomy-terms

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FDA Approved Animal Drug Products.

Posted by giorgiobertin su marzo 7, 2016

FDA Approved Animal Drug Products Online Database System è un database reso disponibile dal Il VMRCVM Drug Information Laboratory del Virginia-Maryland Regional College of Veterinary Medicine.

Animal_Drugs_FDA

Il database fattuale della FDA (FDA Center for Veterinary Medicine) fornisce dati e informazioni sui farmaci per gli animali approvati e non approvati e altri dati correlati. Il database permette di consultare anche gli aggiornamenti mensili al Green Book (repertorio di farmaci per gli animali) dal 1989 a oggi.

Accedi al Database: FDA Approved Animal Drug Products Online Database System

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Il futuro delle informazioni sui farmaci: PDR mobile app.

Posted by giorgiobertin su gennaio 19, 2016

Il Physicians ‘Desk Reference® (PDR) è una risorsa vitale per le informazioni sui farmaci. Ora La piattaforma PDR si è dotata di una versione mobile (mobile PDR) progettata per fornire agli operatori sanitari tutte le informazioni sui farmaci direttamente sul cellulare in qualsiasi momento e in qualsiasi luogo.

mobilePDR PDR_image  Drug_comparison

Le informazioni sono accessibili dalla schermata principale dell’app,  basta inserire il nome di un farmaco, o la classe farmacologica.  E’ possibile selezionare più farmaci e confrontare le loro caratteristiche  per determinare le migliori opzioni terapeutiche per i pazienti. Scorrendo da sinistra a destra si trovano: il dosaggio, le indicazioni, gli effetti collaterali, e altre informazioni chiave.

Scarica le apps:

AppStore    GooglePlay

Fonte ed approfondimenti: http://www.pdr.net/

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New York Public Library: immagini e documenti free.

Posted by giorgiobertin su gennaio 9, 2016

La New York Public Library rende ora possibile scaricare gratuitamente oltre 180 mila documenti tra mappe, manifesti, manoscritti, spartiti, disegni, fotografie, lettere, testi antichi messo a disposizione del pubblico in versione digitale.
Tutti gli elementi sono ad alta risoluzione disponibili direttamente dal sito Digital Collections.


The New York Public Library just uploaded nearly 200,000 images you can use for free

Un tesoro di immagini e documenti che è possibile condividere, scaricare, stampare senza nessun permesso e nessuna restrizione sull’uso. La visualizzazione di tutti i materiali è possibile ordinarla per data, genere, raccolta e anche colore.

Accedi alla collezione: sito Digital Collections
Fonte: New York Public Library

Explore what’s in the public domain with our visualization tool.

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GEneSTATION: un database sulla genetica della gravidanza e riproduzione.

Posted by giorgiobertin su dicembre 4, 2015

GEneSTATION è un database delle conoscenze attuali sulla genomica evolutiva e funzionale della gravidanza. Obiettivo: capire meglio le basi genetiche di complicanze come il parto pretermine.

logoGEMSTATION

La piattaforma – che è accessibile ai ricercatori di tutto il mondo e può essere via via arricchita di nuovi contenuti – non si limita a ospitare e integrare dati derivati da studi sugli esseri umani: dalla pagina Organismi si accede a dati e informazioni relativi ad altri 24 mammiferi (gatto, babbuino, coniglio, macaco, ornitorinco, solo per citarne alcuni), per poter condurre confronti in un’ottica evolutiva.

Accedi al database: GEneSTATION

Fonte: Oggiscienza.it

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NeuroElectro: enciclopedia dei neuroni.

Posted by giorgiobertin su aprile 7, 2015

E’ disponibile online un nuovo strumento sviluppato dai ricercatori della Carnegie Mellon University che raccoglie tutte le informazioni disponibili sui diversi tipi di neuroni del cervello.

Il nuovo portale “www.neuroelectro.org” è stato presentato in un articolo sulla rivista “Journal of Neurophysiology“. Nell’archivio vengono descritte 100 differenti tipi di cellule e 10mila articoli scientifici che presentano la descrizione fisiologica e funzionale di come i neuroni rispondono a stimoli di vario tipo.
Se vogliamo arrivare a ricostruire o modificare il cervello, dobbiamo prima conoscere i pezzi con cui stiamo lavorando“, spiega Nathan Urban, della Carnegie Mellon University.

Ricordiamo che esiste un’altro database pubblico l’Allen Brain Atlas che contiene la descrizione dell’espressione genica dei neuroni nei topi.

Leggi il full text dell’articolo:
Brain-wide analysis of electrophysiological diversity yields novel categorization of mammalian neuron types
Shreejoy J Tripathy , Shawn D. Burton , Matthew Geramita , Richard C. Gerkin , Nathaniel N. Urban
Journal of Neurophysiology Published 25 March 2015 , DOI: 10.1152/jn.00237.2015

Accedi al portale: http://www.neuroelectro.org/

Fonte: Carnegie Mellon University

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ThatMorning: la mappa dei migliori ospedali d’Italia.

Posted by giorgiobertin su febbraio 5, 2015

Thatmorning” è una una piattaforma nata con l’intenzione di orientare le scelte in materia di cure e terapie. E’ il Tripadvisor esportato nella sanità, è un portale che cerca di disegnare una mappa dei migliori ospedali d’Italia, reparto per reparto, incrociando due tipi di dati differenti: valutazioni provenienti dal campo scientifico e impressioni e commenti raccolti tra i pazienti.

Il portale fornisce una fotografia di 1.200 ospedali e 8.500 reparti, tutte strutture pubbliche o convenzionate. All’interno anche un’area personalizzata per memorizzare note sulla propria salute (ma non solo), inserire anche copie digitali degli esami ed averli sempre a disposizione.

Accedi al portale: thatMorning.com

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Database of Antiretroviral Drug Interactions.

Posted by giorgiobertin su febbraio 1, 2015

Database of Antiretroviral Drug Interactions” è database gratuito che contiene informazioni sulle interazioni tra farmaci (che coinvolgono almeno un farmaco antiretrovirale) che i compilatori della risorsa hanno trovato nella letteratura medica, negli abstract delle conferenze di maggiore rilevanza scientifica o nelle informazioni della Food and Drug Administration (USA). Nella pagina del database sono presenti link ad altre informazioni contenute nel portale HIV Insite.

Database of Antiretroviral Drug Interactions

Accedi alla risorsa: Database of Antiretroviral Drug Interactions

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Dietary Supplement Label Database.

Posted by giorgiobertin su gennaio 26, 2015

Dietary Supplement Label Database (DSLD) è un progetto congiunto di: Office of Dietary Supplements (ODS) e National Library of Medicine (NLM), del National Institutes of Health (NIH).
DSLD è uno strumento informativo e di ricerca utile a ricercatori, accademici, professionisti del settore della salute e al pubblico.

dsld database

Al suo interno sono contenuti: informazioni su supplementi dietetici e nutrizionali (e integratori) presenti nel mercato USA, informazioni su prodotti non più commercializzati, dati aggiornati tratti dal National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) dietary supplements database, strumenti per la comparazione dei nutrienti e la valutazione del valore nutrizionale complessivo con lo Dietary Reference Intake (DRI), valutati anche in rapporto a gruppo di età/genere/stile di vita.

Accedi alla risorsa: Dietary Supplement Label Database

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