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Enciclopedia delle linee cellulari tumorali.

Posted by giorgiobertin su Mag 14, 2019

La Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) è una raccolta di oltre 900 linee cellulari assemblate a partire dal 2008 dal Broad Cancer Program in collaborazione con gli Istituti Novartis per la Ricerca BioMedical.
Queste grandi librerie di linee cellulari cancerose sono raccolte di cellule che rappresentano tipi di tumore osservati in pazienti oncologici – possono fornire approfondimenti sulle caratteristiche genetiche uniche dei tumori e sulla loro sensibilità ai trattamenti attuali e potenziali.

CCLE

La collezione CCLE è stata determinante per individuare il gene PRMT5 come bersaglio promettente in alcuni tumori del cervello, dei polmoni, del pancreas, dell’ovaio e del sangue; e WRN in cellule tumorali prive di un meccanismo chiave di correzione del DNA.
In un articolo pubblicato sulle rivista “Nature” i ricercatori riferiscono di aver potenziato il set di dati CCLE, che ora include:
– Dati di sequenziamento dell’RNA per 1.019 linee cellulari;
– profili di espressione microRNA per 954 linee
– dati di matrice proteica (899 linee)
– modificazioni dell’istone su tutto il genoma (897)
– Metilazione del DNA (843)
– sequenziamento dell’intero genoma (329),
sequenziamento dell’intero esoma (326)
Il nuovo set di dati, che è liberamente disponibile su https://depmap.org/portal/ccle/, si fonde anche con i dati di dipendenza genetica da interferenze CRISPR e RNA dal team di Dependency Map (DepMap) del Broad Institute of MIT & Harvard.

“Nel loro insieme, questi set di dati costituiscono una massiccia risorsa comunitaria per chiunque nel campo della ricerca sul cancro che utilizza modelli di linee cellulari“, ha detto il prof. William Sellers. “È difficile sottovalutare il potere dei dati per la scoperta e per comprendere i meccanismi della biologia del cancro nei vari tipi di tumore”.

Leggi abstracts degli articoli:

Next-generation characterization of the Cancer Cell Line Encyclopedia,
Mahmoud Ghandi et al.
Nature (2019). DOI: 10.1038/s41586-019-1186-3

The landscape of cancer cell line metabolism,
Haoxin Li et al.
Nature Medicine (2019). DOI: 10.1038/s41591-019-0404-8

Accedi al database: https://depmap.org/portal/ccle/

Fonte ed approfondimenti: Broad Institute

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