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Isolati i tasselli delle proteine per capirne le funzioni.

Posted by giorgiobertin su agosto 7, 2015

Un gruppo di ricerca della SISSA (Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati – Trieste ITALY), in collaborazione con la Temple University di Philadelphia ha sviluppato un nuovo metodo di analisi al calcolatore sulla dinamica interna delle molecole, fornendo informazioni sulle sub-unità meccaniche che costituiscono una proteina, specialmente come queste si muovono le une rispetto alle altre.

meccano-proteine  Capside virale “esploso” – Crediti: SISSA

Possiamo immaginare le molecole come costituite da un certo numero di tasselli, liberi di muoversi gli uni rispetto agli altri con un certo grado di libertà, come i pezzi del meccano che pur incastrandosi fra loro mantengono la possibilità di muoversi e ruotare.

Nel loro studio il prof. Ponzoni (primo autore) e colleghi hanno sviluppato una metodologia chiamata SPECTRUS (tool is available as a software package and web server at spectrus.sissa.it.), che permette di identificare le sub-unità “semi-rigide” che costituiscono le proteine e ricostruire il loro movimento a partire da poche informazioni. “Il metodo che abbiamo usato si è dimostrato efficiente e affidabile – afferma Ponzoni – per esempio è in grado di identificare correttamente i moduli meccanici di una proteina partendo anche solo da pochi fotogrammi“.

Lo studio è stato scelto come storia di copertina dalla rivista Structure.

Leggi abstract dell’articolo:
SPECTRUS: A Dimensionality Reduction Approach for Identifying Dynamical Domains in Protein Complexes from Limited Structural Datasets
Luca Ponzoni, Guido Polles, Vincenzo Carnevale, Cristian Micheletti
Structure Volume 23, Issue 8, (4 August 2015) Pages 1516-1525

Sissa:  DOWNLOAD Press release

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